मुख्यसचिव बैकुण्ठ अर्यालको कार्यशैलीबाट प्रधानमन्त्री पुष्पकमल दाहाल प्रचण्ड असन्तुष्ट बनेका छन् । संसदमा तेस्रो ठुलो पार्टी भएपनि राजनीतिक कुटनीतिमा अव्वल भएका कारण लगातार सरकारको नेतृत्व गर्दै आएका प्रधानमन्त्री प्रचण्डलाई मुख्य सचिव डा. बैकुण्ठ अर्यालले भने असहयोग गर्दै आएको बालुवाटार निकट स्रोतको दावी छ । 
सरकारका निर्देशन र कतिपय नीतिगत निर्णयलाई मुख्यसचिव अर्यालले कार्यान्वयनमा लैजान अटेर गर्ने गरेको पाइएपछि प्रधानमन्त्री दाहाल मुख्यसचिवको कार्यशैलीबाट आजित भएको प्रधानमन्त्रीका निकटवर्तीहरुले बताएका छन् । 
खास गरि वर्तमान सत्ता गठबन्धनको सरकारले गर्ने निर्णयलाई मुख्यसचिव अर्यालले कार्यान्वयनमा लैजाने भन्दा पनि लम्याउने कार्यशैली अपनाएका कारण प्रधानमन्त्री उनीसँग रुष्ट भएको बुझिएको छ । 
कंग्रेस निकट भएको आरोप लागेका मुख्यसचिव अर्यालले प्रधानमन्त्री प्रचण्डलाई असहयोग गर्ने नीति लिएको हुन सक्ने भन्दै उनलाई हटाउने योजनावारे समेत सत्ता गठबन्धनका शीर्ष नेताहरुबीच पछिल्लो समय छलफल शुरु भएको स्रोतको दावी छ । 
यसअघि पनि उनको कार्यशैलीबाट रुष्ट भएका प्रधानमन्त्री दाहालले टेरामेक्स खरिद प्रकरणमा मुद्धा लागेका कारण छिट्टै हट्ने भन्दै आफ्ना सचिवालयका सदस्यहरुलाई केही समय धर्य गर्न आग्रह गरेका थिए । 

अख्तियारले मुद्धा लगाउने तयारी गरेको भनिएको उक्त प्रकरण, केही राजीतिक व्यक्ति कै कारण अघि बढ्न नसकेपछि मुख्यसचिव अर्यालको यही कार्यशैलीलाई लामो समयसम्म सहन गर्ने कि उनलाई हटाउने भन्नेवारे बालुवाटारले छलफल समेत शुरु गरिसकेको सत्ता गठबन्धन एक शिर्ष नेताले जानकारी दिए ।

उनको कार्यशैलीमा सुधार  नआए उनलाई कुनै बिशेष पद श्रृजना गरेर हटाउनेवारे प्रधानमन्त्री प्रचण्डले एमाले अध्यक्षसँग परामर्श गरेको बालुवाटार स्रोतको दावी छ । 
उनलाई हटाएर भावी मुख्य सचिवमा हालका गृहसचिव एकनारायण अर्याललाई ल्याउनेवारे समेत चर्चा भइरहेको गठबन्धनका नेताहरुले बताएका छन् ।